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發(fā)布日期： 2024年11月21日
現(xiàn)面向社會(huì)征集****全基因組測(cè)序、宏基因組測(cè)序檢測(cè)項(xiàng)目市場(chǎng)調(diào)研詢(xún)價(jià)工作，具體事項(xiàng)公告如下：
一、采購(gòu)單位名稱(chēng)
****
二、項(xiàng)目名稱(chēng)
****全基因組測(cè)序、宏基因組測(cè)序檢測(cè)項(xiàng)目
三、供應(yīng)商須提供的資料
1.有效的營(yíng)業(yè)執(zhí)照復(fù)印件加蓋單位公章；
2.法定代表人本人身份證或法人代表授權(quán)書(shū)及授權(quán)人有效身份證加蓋單位公章（格式自擬）；
3.技術(shù)參數(shù)及報(bào)價(jià)函加蓋單位公章和法人章（見(jiàn)附件1）。
四、有意向的供應(yīng)商須在詢(xún)價(jià)資料截止時(shí)間前遞交。
時(shí)間：2024年 11 月 21 日至2024年 11 月 25 日上午9點(diǎn)止
地點(diǎn)：**省**市**區(qū)梅園大道43號(hào)
方式：發(fā)送到電子郵箱****@163.com
以上資料加蓋供應(yīng)商公章發(fā)送至郵箱，最終以郵箱收到的材料時(shí)間為準(zhǔn)。
五、采購(gòu)人聯(lián)系方式：
1.采購(gòu)人信息
名 稱(chēng)：****
地 址： **省**市**區(qū)梅園大道43號(hào)
聯(lián)系方式： 0701-****913
附件1
| 序號(hào) | 項(xiàng)目名稱(chēng) | 數(shù)量 | **** 簡(jiǎn)要技術(shù)需求 | 供應(yīng)商 提供技術(shù)需求 | 報(bào)價(jià) |
| 1 | 全基因組測(cè)序 | 30份 | 1.文庫(kù)構(gòu)建： 構(gòu)建好的文庫(kù)后進(jìn)行質(zhì)量和產(chǎn)量的檢測(cè)。 2.測(cè)序策略及質(zhì)控： 2.1 PE150及以**通量測(cè)序； 2.2 高質(zhì)量的下機(jī)數(shù)據(jù)≥1G； 2.3基因組覆蓋度≥95%； 2.4基因區(qū)覆蓋度≥98%，整體覆蓋深度≥100×； 2.5堿基數(shù)據(jù)質(zhì)量值Q30比例≥85%； 2.6組裝結(jié)果contig數(shù)量≤200個(gè)； 2.7 對(duì)組裝結(jié)果進(jìn)行物種注釋?zhuān)?/p> 2.8 滿(mǎn)足國(guó)家致病菌識(shí)別網(wǎng)監(jiān)測(cè)工作要求； 2.9根據(jù)需求，可提供個(gè)性化分析，**耐藥基因預(yù)測(cè)、毒力基因預(yù)測(cè)、血清型預(yù)測(cè)、mlst分析、SNP進(jìn)化樹(shù)分析。2.10提供送檢樣本后15個(gè)工作日內(nèi)完成測(cè)序和數(shù)據(jù)交付，并提供后續(xù)相關(guān)數(shù)據(jù)質(zhì)控和分析服務(wù)。 | ||
| 2 | 宏基因組測(cè)序 | 120份 | 1.對(duì)符合生物安全的生物樣本進(jìn)行宏基因組測(cè)序(二代高通量測(cè)序)及后續(xù)的數(shù)據(jù)質(zhì)控，交付完整原始數(shù)據(jù)、宏基因組分析數(shù)據(jù)和報(bào)告。 2.服務(wù)要求： （1）服務(wù)方應(yīng)對(duì)檢測(cè)內(nèi)容進(jìn)行預(yù)實(shí)驗(yàn)，我中心對(duì)預(yù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行質(zhì)量復(fù)核。 （2）應(yīng)對(duì)核酸進(jìn)行濃度、純度檢測(cè)，測(cè)序策略：雙端測(cè)序，PE150起。 （3）服務(wù)方應(yīng)采用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行建庫(kù)測(cè)序，每個(gè)樣品產(chǎn)生的平均原始數(shù)據(jù)不應(yīng)低于rawdata數(shù)據(jù)量：≥10G； （4）提供送檢樣本后15個(gè)工作日內(nèi)完成測(cè)序和數(shù)據(jù)交付，并提供后續(xù)相關(guān)數(shù)據(jù)質(zhì)控和分析服務(wù)。 （5）rawdata質(zhì)量：PE150、PE250及以上測(cè)序，Q30以上占比≥85%，Q20以上占比≥90% （6）數(shù)據(jù)分析內(nèi)容：Rawdata過(guò)濾原則：去接頭序列，去掉平均質(zhì)量低于20的reads，去除含連續(xù)5個(gè)及以上N的reads，去宿主序列。 ①數(shù)據(jù)質(zhì)控（低質(zhì)量reads過(guò)濾、adaptor過(guò)濾、宿主過(guò)濾） ②基因組組裝。 ③基因預(yù)測(cè)、去冗余。 ④基因豐度統(tǒng)計(jì)：樣本基因數(shù)目統(tǒng)計(jì)、core-pan基因稀釋曲線、基因數(shù)目差異分析（組間基因數(shù)目差異箱圖、Venn圖/花瓣圖）、基因數(shù)目的樣品間相關(guān)性分析。 ⑤物種注釋及統(tǒng)計(jì)：物種豐度概況、注釋基因數(shù)目及相對(duì)豐度聚類(lèi)分析、基于物種豐度的降維分析、基于物種豐度的。Bray-Curtis距離的降維分析、基于物種豐度的Anosim分析、基于物種豐度的樣品聚類(lèi)分析、組間差異物種的 Metastat分析、組間差異物種的LEfSe分析、隨機(jī)森林分析。 ⑥功能注釋及統(tǒng)計(jì)：KEGG、eggNOG、CAZy。 ⑦功能豐度統(tǒng)計(jì)：功能相對(duì)豐度概況、功能相對(duì)豐度聚類(lèi)分析、基于功能豐度的降維分析、基于功能豐度的Bray-Curtis距離的降維分析、基于功能豐。 度的Anosim分析、基于功能豐度的樣品聚類(lèi)分析 ⑧代謝通路比較分析：代謝通路比較分析、代謝通路注釋基因數(shù)目及差異EC分析 ⑨組間功能差異的Metastat分析、組間功能差異的LEfSe分析 ⑩抗性基因注釋?zhuān)嚎剐曰蜇S度概況、抗性基因類(lèi)型的分布及豐度聚類(lèi)分析、組間抗性基因數(shù)目差異分析、抗性基因與物種歸屬關(guān)系。 ⑾服務(wù)方對(duì)檢測(cè)資料及數(shù)據(jù)嚴(yán)格保密，不得對(duì)外泄露。 |
